.

Kuja começa a fazer experimentos com suas próprias e irônicas armas: Black Mages especiais. Estes são autômatos semelhantes aos Genomes, capazes de executar artes mágicas de destruição extrema. Eles são criados usando as propriedades da Mist. Kuja constrói fábricas no subterrâneo da cidade de Dali, pagando aos habitantes da vila para abandonarem suas atividades agrícolas e trabalharem nas fábricas ao invés disso. Quase todos os aldeões escolhem essa alternativa.

12 anos Atrás:

Outro Genome é criado por Garland, um cujo poder ultrapassa até mesmo o de Kuja; a ele é dado o nome Zidane. Garland designa a Zidane o cargo de ser o anjo vingador, para terminar o trabalho que Kuja começou. Kuja, ao retornar a Bran Bal e vendo o poder de Zidane, tem seu ciúme extravasado e o envia para Gaia, o próprio mundo que ele deseja destruir. Ele sabe que se ele puder terminar o trabalho antes que Zidane cresça, ele terá provado seu propósito de existência. Ele deixa Zidane viver para poder se orgulhar daquilo que fez quando o trabalho estiver terminado (e poder falar que Zidane é inferior a ele).
Zidane é apanhado em Lindblum pelos membros de Tantalus. Tantalus é um grupo de bandidos viajantes mascarados como dramaturgos e atores. Baku, o líder barbudo de Talantus se considera como um pai para Zidane. Outros membros eventualmente incluem Ruby, a bela do grupo; Marcus, um cara de orelha pontuda meio vigilante; Cinna, um cara esquisito que adora martelos; Blank, um cara meio durão e os gêmeos com cara de porco, Benero e Zenero.

6 anos Atrás:

Enquanto um carregamento de Black Mages está sendo transportado via Airship na área de Treno, um pequeno protótipo cai e é socorrido por Quan, mestre da tribo Qu. (Qu é uma tribo de aparência estranha, dedicada ao conhecimento gastronômico). Quan dá o nome de Vivi à criança, e o leva para viver com ele (deixando seu escritório em Qu Marsh, e deixando seu aluno Quale na responsabilidade pelo local). Quan percebe que Vivi lhe ensina muito sobre coisas da vida que ele nunca soube. Eventualmente o velho morre e Vivi é deixado só.
O marido e esposa sobreviventes de Madain Sari geram uma filha chamada Eiko, que fica amiga íntima dos moogles. Um tempo depois, eles e o avô falecem. Um eidolon chamado Madeen, presente do nascimento de Eiko, jura olhar por ela, e assume o corpo de um moogle chamado Mog para ser o guardião dela. 

Nos Últimos Anos:

Vários outros Black Mages eventualmente desenvolvem uma consciência e decidem se livrar da opressão de Kuja. Eles constroem uma pequena vila numa floresta no Outer Continent, bem longe, e se escondem de Kuja.
Em uma excursão pela cidade de Trenó, Zidane provoca um tumulto na casa de leilões. O segurança, um cara ruivo meio mal-humorado chamado Amarant tenta evita-lo à força, mas Zidane o engana e cai fora. Amarant fica intrigado com a atitude de Zidane na conversa curta que eles têm, e decide encontrá-lo novamente.
Freya, uma habitante de Bumercia (a raça de um povo com cara de rato), se torna uma pessoa muito entristecida quando seu amado Sir Fratley parte para conhecer o mundo. Eventualmente, ela parte também e se estabelece em Lindblum, perto do quartel-general dos Tantalus. E ela continua sua procura por Fratley nos anos que ela vive longe de casa.

Kuja, satisfeito com sua última leva de Black Mages, acerta um acordo com a Rainha Brahne, de Alexandria. Ele corrompe a mente dela com idéias de ganância, e lhe fala que os quatro fragmentos de cristal (os quais ele pretende juntar para liberar Alexander e capturá-lo) são a chave para poderes incríveis. Ela cai no feitiço dele e faz todo o possível para obter os quatro fragmentos (e qualquer eidolon no caminho, claro). Um dos fragmentos é guardado pela filha Garnet; um pelo cunhado dela, o Regente Cid IX de Lindblum; um está em Bumercia e um está sob a posse de Eiko em Madain Sari. 
Doctor Tot, o tutor da Princesa Garnet, temendo a rainha, deixa Alexandria. Ele continua suas pesquisas em Trenó, e é eventualmente financiado pela família Bishop.



Rei Leo (Baku) promete a filha dele, Princesa Cornelia (Rubi), para Príncipe Schneider. Porém, Cordelia se apaixonou por Marcus, um cidadão. Os três amigos de Marcus o ajudam em uma investida contra Rei Leo que resulta em um fracasso. Marcus começa a pensar que talvez se Cornelia se casasse com Schneider seria melhor para o país, mas a personagem encenada por Zidane discute, o que resulta em uma briga. Zidane persegue Blank fora do palco.
Abatido, o Marcus visita Cornelia depois nos aposentos dela. Porém, os dois guardas de Leo (encenados por Benero e Zenero) o pegam e o levam ao rei. Leo declara a pena de morte a Marcus.

Mas Garnet decide fugir para Lindblum por sua própria conta. Vivi também está na cidade para assistir a apresentação, depois de ter comprado um ingresso um cara suspeito. Infelizmente, o ingresso era falso.

Vivi se encontra com um garoto-rato chamado Puck em uma ruela. Puck é um habitante de Burmecia, que está viajando sozinho. Ele conta para Vivi que ele o tomará como um escravo, e Vivi concorda confusamente. Puck agarra uma escada de mão usada por um carpinteiro e a leva para uma catedral perto dali, onde ele sobe nos telhados de Alexandria. Eles entram escondidos no show. 

Depois da cena de luta em que Zidane persegue Blank, eles entram direto no palácio. Eles põem os guardas para dormir e roubam os uniformes deles. Eles se deparam com uma princesa Garnet coberta, cuja identidade eles não percebem a principio, mas depois correm atrás dela.

A rainha Brahne deseja saber onde Garnet está, e envia Steiner e seus Knights of Pluto atrás dela. Ele eventualmente a encontra sendo perseguida por Zidane em uma das torres. Garnet salta para fora de uma das torres e se agarra em uma corda, indo aos bastidores de Tantalus; Zidane a segue. Steiner tenta os perseguir, mas sua armadura pesada faz com que ele se choque contra uma parade no caminho.

Zidane finalmente encontra Garnet e descobre que aquela Garnet realmente quer que ele a seqüestre. Claro, ele concorda. Porém, eles são surpreendidos por Steiner e os Knights dele (um dos quais era Blank disfarçado). Cinna ajuda a fuga dos dois.
Steiner usa uma porta lateral e os pega de surpresa, confrontando-se com Blank. Porém, quando Steiner se enfurece e começa a usar a técnica Armor Break, destruindo a armadura de Blank e revelando um bando de oglops. Steiner tem oglofobia, ficando louco e permitindo Garnet e os Tantalus escaparem.
 Na peça, quando Marcus é apanhado pelos guardas do rei Leo, Zidane, Garnet e Steiner chegam.

 Zidane retoma seu papel de amigo de Marcus, Garnet encena Cornelia e Steiner, sem saber de nada, encena Schneider. Marcus e Zidane dominam os guardas. Cornelia abraça Marcus, mas nem sequer este espetáculo de amor comove o rei. Marcus ataca o rei, mas Cornelia coloca-se na frente da espada, mostrando que ainda ama seu pai. Marcus se apunhala, e o rei e Schneider lamentam pela princesa perdida.
Porém, mesmo com a multidão (e Brahne) muito empolgados, a apresentação termina em desastre quando Puck e Vivi são encontrados e são perseguidos no palco.

Vivi solta acidentalmente um Fire, e queima o capuz de Garnet, a expondo! Steiner ataca Zidane e Vivi, mas a trupe Tantalus escapa no Prima Vista Airship, com Vivi, Garnet e Steiner a bordo!
A rainha Brahne solta um gigantesco Bomb que explode, causando grandes danos ao navio de teatro. O Prima Vista se colide na Evil Fores, próxima a Alexandria. Brahne designa os três Black Waltzes de Kuja para procurar Garnet e destruir tudo que os impeça de adquiri-la



Todos sobrevivem, mas Garnet e Vivi caem longe dos outros. Steiner sai à procura deles, e Zidane o segue depressa. Eles se deparam com um mostro que ataca Garnet e Vivi, e Garnet é capturada dentro do corpo em forma de gaiola do monstro. Eles lutam contra o monstro, mas já é muito tarde, o mostro foge levando Garnet. Outro monstro-gaiola chega e pega Vivi. Eles derrotam o monstro, mas antes que morra o bicho borrifa em Vivi e Steiner uma substancia venenosa, podendo eventualmente matá-los. Zidane leva os dois inconscientes de volta ao Prima Vista.
Steiner é levado para a sala de armazenamento no Prima Vista, e Vivi para um quarto próximo. Blank faz uma poção que anula o efeito do vírus, e ambos tomam (Steiner bastante relutantemente). Zidane decide procurar Garnet na floresta, mas Baku recusa em deixa-lo. Zidane fala que ele vai deixar o Tantalus e procurar Garnet. Baku o ataca, mas Zidane se defende e ganha a briga. Baku concorda em o deixá-lo procurar a princesa. Zidane pede a ajuda de Steiner e Vivi para procurá-la. Antes dele partir, Blank lhe dá um frasco do medicamento para curar Garnet.
Depois que Zidane sai, Baku fala para Blank segui-lo, para garantir que tudo saia bem. Ele concorda.

Zidane e o grupo alcançam o centro da Evil Forest. Garnet está dento da Plant Brain. Eles destroem a criatura e reavivam Garnet com o medicamento de Blank, mas o resto das plantas começa a vir atrás deles. Uma perseguição em alta velocidade começa, com Blank chegando a tempo de ajudá-los a escapar. Porém, Blank não consegue escapar e é capturado pela floresta. Ele lança um mapa a Zidane um segundo antes de ser agarrado. A floresta inteira se petrifica, levando Blank junto.
 Zidane, Vivi, Steiner e Garnet descansam durante a noite e decidem ir em direção a Lindblum. O único jeito de chegar lá é através da Ice Cavern. Dentro da caverna, Vivi ajuda a atravessar a caverna usando a magia de fogo para derreter as paredes. Perto do fim da caverna, entretanto, eles se deparam com o primeiro dos três Black Waltzes, que põe o grupo para dormir. Zidane acorda, enfrenta o Black Waltz e seu ajudante (uma criatura de gelo) e os derrota. Os outros membros do grupo acordam com isso. Eles deixam a caverna. Garnet decide escolher um novo nome para ela, e termina escolhendo Dagger (inspirada pela arma de Zidane).

Enquanto isso, Steiner “contrabandeia” Dagger pela South Gate, colocando ela dentro de um jarro de Gysahl Pickles (os guardas não querem chegar perto disso). Eles seguem para a Summit Station, um lugar parecido com uma estação de esqui que tem carros eletrônicos; um vai para Alexandria e outro vai para Treno.

Zidane e companhia chegam em Bumercia, onde eles encontram tudo em ruínas. Somente alguns sobreviventes estão ao redor, e Zidane e Freya os ajudam a escapar. Eles eventualmente se encontram com Brahne e Kuja, que estão debatendo para onde todos os Bumercians escaparam, e chegam a conclusão que eles devem ter entrado na colônia secreta de Cleyra. Zidane e Freya tentam para-los, mas são atacados por Beatrix, que os deixa nocauteados no chão e parte com Brahne e Kuja.

Na Summit Station, Dagger encontra Marcus e Cinna. Eles estão à procura do lendário Supersoft, que supostamente pode despetrificar qualquer coisa. Eles pretendem usar o supersoft em Blank. Marcus segue para Treno para procurar pelo item, enquanto Cinna está indo de volta a Lindblum para contar aos outros membros do Tantalus sobre o fato. Cinna acaba perdendo sua condução para Lindblum (eventualmente Baku o repreende por sua lerdeza). Dagger se oferece para ajudar Marcus. Antes de eles alcançarem Treno, entretanto, o trem é parado pelo 3° Black Waltz. Ele ficou completamente insano, mas Dagger, Steiner e Marcus despacham-no, continuando seu caminho para Treno.
Marcus e Baku descobrem que o Supersoft está em poder de um barão que vive em Treno. Steiner se opõe veemente a idéia de roubarem o iten, mas a idéia dos outros dois predomina. Enquanto eles estão explorando a cidade, Dagger encontra Kuja mais uma vez, na casa de leilões, que pertence a ele. Kuja também a percebe, e nota que está encantado com a jovem.
- Marcus, Baku, Dagger e Steiner invadem a casa do barão e dentro encontram Doutor Tot, o velho tutor de Dagger. Tot diz para eles o encontrarem em sua casa na torre próxima. Eles o fazem. Tot lhes dá o Supersoft e conta para eles sobre um caminho secreto para Alexandria, a Gargan Roo. Usando uma criatura parecida com um inseto gigante chamada Gargant, eles podem montar nela e percorrer todo o caminho por um túnel subterrâneo. No caminho, eles param para destruir uma cobra estilo asteca que estava bloqueando o caminho.
Eles chegam a Alexandria, mas são pegos em uma armadilha por Zorn e Thorn. Dagger é levada à Rainha Brahne, e Steiner e Marcus são capturados e postos em uma gaiola de metal.
Enquanto isso: Zidane e companhia viajam para Cleyra; ela está em cima de uma árvore enorme, áspera, cercada por tempestades de areia perpétuas. Eles seguem seu caminho acima pelo tronco e em Cleyra, Freya é levada pra conhecer o rei de Bumercia, que fugiu para lá; enquanto Zidane explora a cidade. Ele é chamado para uma emergência, entretanto: Puck, que encontrou um caminho para lá quando ouviu falar sobre os ataques a Bumercia, é pego por um gigante antlion. Zidane o salva. 

Freya participa de uma dança mágica usada para fortalecer o sandstorm perpétuo... mas a harpa (fortalecida por um dos quatro fragmentos de cristal) se quebra, e o furacão de areia desaparece.
Brahne leva Dagger para uma sala subterrânea especial, onde Zorn e Thorn extraem os Eidolons aprisionados dentro dela para o uso de Brahne e Kuja. Dagger entra em um semi-coma.
Brahne e Beatrix levam o Red Rose Airship e atacam Bumercia pelo ar, atraindo Zidane e seus companheiros para o tronco. A sorte da batalha é mudada pelo Sir Fratley, que se revela inesperadamente. Freya descobre que ele tem amnésia aguda e não pode se lembrar dela ou qualquer outra coisa.



Beatrix leva a jóia da harpa e vai embora. Zidane e seus amigos atacam Beatrix mas são derrotados novamente. Eles vêem Beatrix e os Black Mages se teleportando de volta ao Red Rose, e, agindo rapidamente, eles conseguem entrar em uma das bolhas de teletransporte, seguindo também para o Red Rose. Eles chegam a tempo de ver Brahne usar Odin, um dos novos Eidolons dela, e destruir Ceyra. Eles também ouvem Brahne ordenar a execução de Dagger. Beatrix começa a ter fortes dúvidas sobre as convicções de Brahne. Zidane e companhia usam os teletransportadores para viajar a Alexandria para tentar salvar Dagger.

Steiner e Marcus fogem da gaiola, balançando-a de um lado para outro. Marcus parte para tentar salvar Blank, e Steiner fica surpreso ao ver Zidane, Vivi, e Freya chegarem. Eles rapidamente seguem para a câmara subterrânea de Dagger, derrotam Zorn e Thorn, e levam Dagger com eles. De volta ao castelo, eles são abordados por Beatrix mais uma vez. Eles a derrotam e têm uma conversa de coração-para-coração com ela; Beatrix concorda finalmente que Brahne está errada. Brahne aparece e ordena que Beatrix mate Dagger, mas ela recusa. Zorn e Thorn aparecem e invocam um monstro para atacar Beatrix; ela é ajudada por Freya. 


Enquanto os dois soldados (Freya e Beatrix) cuidam de Brahne. Zidane, Vivi, Steiner e Dagger voltam em direção a Gargan Roo. No meio do caminho de volta, Steiner pára e pede permissão para ajudar Beatrix e Freya; ele volta emquanto os outros três continuam seguindo para baixo. Os três soldados ficam presos no castelo, mas conseguem repelir os ataques o tempo bastante para permitir que Marcus e Blank os salvem.
Zidane, Vivi e Dagger seguem montados no gargant, mas eles são atacados por outra cobra enorme que começa a perseguir o gargant, que erra completamente o caminho para Treno, e emerge próximo a Pinnacle Rocks. Dagger é visitada por Ramuh, um eidolon. Depois de contar a história dele, Ramuh concorda em destrancar a habilidade oculta de Dagger, a habilidade de invocar, permitindo que ela o chame.
Brahne é visitada por Lani, uma caçadora de recompensas, a quem ela fala para procurar Dagger e destruir Vivi. Lani é ajudada por Amarant, que fecha acordo com ela, não tendo nada melhor para fazer. Ele fica intrigado após ouvir que Zidane viaja com Dagger.


Eiko (com ajuda de Quina e mais moogles) cozinha peixe e carne para eles. Enquanto ela cozinha, um dos amigos moogle dela leva Zidane e Dagger à Eidolon Wall (um mural pintado com figuras de eidolons). Dagger os acha familiar e estranhamente confortantes. Depois da refeição, Eiko lhes fala que a Lifa Tree foi lacrada por um eidolon poderoso, e precisa de outro eidolon para retirar o lacre. Ela concorda em ir com eles para destrancar a árvore e lhes permitir entrar.
Eles vão à Lifa Tree, e Eiko os deixa entrar. Eles seguem todo o caminho abaixo até a raiz, derrotando o demônio da alma da árvore, fazendo com que a Névoa parasse de ser criada no Mist Continent (Isso paralizou os airships que viajavam lá).
Enquanto eles estavam na árvore, Lani e Amarant entram em Madain Sari e roubam o fragmento de cristal de Eiko. Quando Eiko volta para pegar o cristal, Lani a faz dormir e a agarra também. Lani usa Eiko como isca, falando para Zidane que se ele lhe der o pendante de Dagger, ela devolverá Eiko. Porém, Amarant liberta Eiko (fazendo com que Lani fuja com medo), então desafia Zidane para um duelo, que Zidane vence.
Amarant, sendo um guerreiro estilo samurai-ninja, diz para Zidane que deve tirar sua vida, mas Zidane discorda. Confundido, Amarant decide viajar com Zidane para tentar aprender mais sobre o modo que ele vive a vida dele.

Enquanto isso, um passeio de barco de Dagger e Zidane restabelece a maioria das recordações de Dagger sobre o local de seu nascimento (mas não sobre os pais dela). Eiko, feliz por outro summoner ter sobrevivido, vai com eles à Lifa Tree confrontar Kuja.

Eles encontram Kuja na Lifa Tree; após um curto monólogo, Kuja usa montros criados a partir da Mist contra o grupo de Zidane. O grupo os derrota, mas antes que eles pudessem fazer qualquer coisa Brahne chega com a frota de navios de Lindblum e ataca Kuja. Ela tenta usar Black Mages contra eles, mas os ataques falham após uma primeira investida pelos montros de Kuja. A rainha então invoca Bahamut para os destruir. Dagger, insistindo em ajudar a mãe, encontra a estátua de Leviathan perto do local; a princesa então percebe que Leviathan ataca usando Tidal Wave, e as forças de Brahne estão na água, isso não pode ser usado para ajudar. 

Garland intercepta o ataque de Bahamut (que ia ser usado por Kuja) usando o Invicible e ordena que o mesmo ataque os navios. (Aparentemente ele não deseja que a missão de Kuja falhe, e confia o bastante nas habilidades de Zidane para eventualmente derrotar Kuja). Os navios são destruídos, e Brahne sobrevive o bastante apenas para se desculpar para sua filha adotada. Zidane e o grupo usam a área de fuga de Brahne para ir à Alexandria, onde Brahne é enterrada.



Dagger é designada para ser a próxima rainha. Vivi vai ao novo mini-teatro de Ruby. Zidane, Freya, Amarant e Eiko visitam Dagger, mas Zidane se acha incapaz de falar com ela. Antes dela partir, Dagger dá a Eiko um dos fragmentos de cristal dela, deixando cada uma com dois fragmentos. Sentindo que tinha chance, Eiko decide partir para cima de Zidane, e com uma carta de amor de Eiko para Zidane (escrita por Dr. Tot) caindo em várias mãos até acabar sendo vista por Steiner e Beatrix, que acabam assumindo seus sentimentos um pelo outro. Após as esquisitices, Doutor Tot convida Eiko para a casa dele em Treno.







 O Hilda Garde 3 é sugado para a Shimmering Island. Zidane é recebido por Garland que o convida a visitar a Terra novamente. Mikoto os guia a Bran Bal, a cidade dos Genomes. Na entrada eles vêem rapidamente o Inviclible, o navio sugador de almas de Garland. Dagger desfalece à memória do que ele fez a Madain Sari, e o resto do grupo levam-na a vila. Zidane fica muito confuso por ver que todos se parecem com ele, mas não têm nenhuma personalidade.
Mikoto confronta Zidane e lhe fala que ele é um Genome especial e que Garland deseja falar com ele. Confuso, Zidane concorda em seguir a Pandemonium, o castelo de Garland. Enquanto isso, Eiko, Vivi, Quina e Amarant começam a procurar por Zidane. Mikoto lhes fala que Zidane foi se encontrar com Garland.